陈燮离开内阁，也是和文官商量好的妥协结果。任期之内，陈燮除了制定法律，推动改革之外，还要推动立法，确立海外的爪哇、婆罗洲、澳大利亚、夏威夷等实际占据的领地作为大明一部分。任期结束后，陈燮将离开大明，出任大明联邦海外大总统一职。实际上确立了陈燮近似海外开国的地位，海外联邦将以宪法的形式确立，其领土永远是大明的一部分。本质上，海外联邦是大明的加盟国。
建新六年秋，大明进入了一个新的时代。这个新时代的最大特性，就是保留了皇权，并且以宪法的形式确立了皇权的合法性，而不是过去那套“奉天承运”。作为一个特色的立宪变种，大明保留了贵族阶级已经相应的特权。说起特权这个东西，任何体制下都不可避免，更不要说在大明了。
新的时代本质上还是把整个大明的人分出了两个阶级，统治阶级的组成有传统的皇族、勋贵、文官集团、士绅、新兴的资本家组成，其余的全部都是“民”。两个阶级唯一相同的地方，体现在税收法律上。就算是皇帝的产业，也要交税，这一条太牛逼了。把整个大明都搞的一点脾气都没有。看见了吧？皇帝都得交税，你算个蛋蛋。
要的就是这个效果！真正的特权隐藏在法律的字面之下。国会成员的参选权、选举权，用法律的形式规定，每年纳税不少于五十银圆者才有选举资格，参选者每年纳税不少于三百银圆。就这两条出来，就断了多少人参政议政的念想。其次是另外一个渠道。就是公务员的科举，你得是学霸，还得在实际工作中成绩混个中上，才有资格继续你的仕途之路。
想要投身政治，这两条路只能二选一，要么你有钱，用交税说话，要么你是学霸+实干，用能力说话。虽然政府依旧掌握了官员的任免权利。吏部依旧是个热的烫手的衙门，但是今非昔比了，任何一个官员在任职期间，当地议会都会提交一份报告，综合评价这个官员的政绩。这份报告，对官员的前途有极大的影响。这就是议会手里的大杀器！好听一点叫监督政府，难听一点叫拿着显微镜找官员的麻烦。
确立了权利和义务之后，接下来的就是政府机构改革了。首先改革的就是礼部。过去的礼部太混沌了，胡子眉毛一把抓。权责不明。改革首当其冲就是礼部，首先保留了礼部这个称谓，但是其职能变得非常单一，就管一些礼仪上的事情。祭祀、祭天之类的仪式，都归礼部管。其他的只能部门被分离出来，增加理藩部、教育部这两个部门。第二个改革的部门是刑部。分割成检察部、警察部。一个负责查案，一个负责审核批捕。工部分成了工业部、格物部（科技部）、水利部，本来还打算城里一个地质部，结果一想土地矿山都是私人的，就算是公家的最终也是由私人去开发。就不用多出这么一个部门浪费公帑了。都察院、大理寺被取消，以部门纳入皇帝直属的宣传部，这是朱慈烺为自己争取的一个重要的砝码。有了这个部门在手里，今后办个报纸就得由宣传部门批准不说，你还得交管理费。就这个部门，还是国家出钱养着，皇权不能什么都落不下吧？对于这个事情，陈燮没坚持，他要就给他了。反正今后跟皇帝较劲是的建新政府，陈燮呆不了多久，五年就得闪人。在一个就是大理寺，直接取消了，审案今后是法院的事情，立案、查案是警察的事情，核准、批捕、搜查令是检察院的事情，还留着这么一个机构干啥？同时被取消的部门还有六科，这玩意就是给皇帝掌握权力做助手的，也可以取消了。不过这个部门不是真的取消，而是改头换面，以内阁秘书处的名头粉墨登场，说穿了就是给内阁大佬做秘书吧。以前是给皇帝打下手，换东家而已。
吏部的变化不大，甚至连名字都没变，变化的是内部的职能和结构，一定程度的人员精简是必须的，新的体制下，吏部用不了那么多人了。就是根据各地议会和地方官员的报告，派人去核实一下之后，分配县以上的官员位子。这个权利，打死吏部上下都不会放手的。
兵部的改革最为惨烈，八成以上的文官被踢出了这个体系，兵部的名称都被取消了，直接设总参谋部，海军部、陆军部，三个部门等级平行，实际上掌握权力的是总参。任何师级（少将）以上的调动和任免，都必须由总参批准。调动一兵一卒，必须有参谋签字才能执行。
户部的改革放在了最后，这部门真不好太早动，不然各种事情不能正常的拨款，都得乱套。这个部门改起来事情最多，首先是增加一个财政部，所有军政部门拨款，都从这里出。其次增加一个统计局，用各种数据说话，兼职查账。廉政公署要查账，都得请他们出马配合。最后是分割出来一个税务部和国土部。这个两个部门一个负责收税，一个负责管理国家土地资源。分割出来的四个部门，别看财政部牛叉吧。真正牛叉的其实是税务部，所有的人员都是精锐不说，待遇都比别的部门要高一些。为什么这么安排，因为这是大家的钱袋子的来源啊。陈燮对别的部门改革都不很上心，但是对税务部的组建，则是每个细节都去盯着看。力争把这个部门建设成鬼见愁，是个人被查出来偷税漏税，都得让他恨爹妈把自己生出来才行。石头里都得榨出油水，税务法细致的让人看着头皮都发麻。偷漏税的惩罚必须让敢这么做的人倾家荡产。最牛叉的是税务部是有武装的，船舶司改名海关之后，下面的侦缉队都是税务部管。各级税务部门也设有侦缉队，敢于暴力抗税，坚决武装镇压。